Jesienią 1913 r. przejął istniejącą już wcześniej 1 Zakopiańską Drużynę Skautów im. Józefa Poniatowskiego (1 ZE) i nadał jej wybitnie niepodległościowy charakter. W 1914 r. drużyna składająca się z uczniów gimnazjum i szkoły przemysłu drzewnego liczyła 245 skautów (podzielona na 4 plutony). Założona przez Olgę, na pocz.1914 r., 2 Zakopiańska Drużyna Skautek im. Emilii Plater (2 ZE) liczyła 168 skautek w czterech plutonach. Było to bardzo dużo jak na miejscowość liczącą 5 tys. mieszkańców. [W Krakowie 320 skautek w 11 drużynach].

W okresie świąt Bożego Narodzenia 1913 r. Olga przygotowała, przeprowadzony przez Andrzeja w Kuźnicach, kurs dla kierowniczek ruchu skautowego z Galicji.

W dniach 26 XII 1913 – 4 I 1914 r. odbył się w Kuźnicach kurs drużynowych dziewcząt. Wśród 26 uczestniczek najwięcej było z zboru austriackiego ( w tym 10 nauczycielek z Krakowa). Przyjechały także dziewczęta z zaboru rosyjskiego oraz kilka z Poznania – po raz pierwszy z zaboru niemieckiego. Uczestniczki zakwaterowane były w Szkole Pracy Domowej w Kuźnicach.

Trudne warunki górskie zostały wykorzystane do ćwiczeń w terenie. Już pierwszego dnia uczestniczki kursu rozpoczęły obozowanie na śniegu. Rozbiły namioty i zbudowały szałasy. Wszystkie 3 zastępy rozpaliły ogniska i ugotowały posiłek.

Program kursu opracowała Olga Małkowska, z uwagi na jej chorobę kursem kierował Andrzej Małkowski. Zajęcia prowadzili:

• Andrzej Małkowski – zajęcia z praktycznego obozowania, patrolowania, sygnalizacji oraz wykłady o spostrzegawczości, tropieniu, zabawach skautowych, prawie skautowym i całym ruchu,
• Eugeniusz Romer ze Lwowa – krajoznawstwo,
• Jadwiga Falkowska – przyrodoznawstwo, ratownictwo,
• Władysław Kołowłocki – administracje drużyny,
• Zofia Szumska z Krakowa – gimnastykę.

Generałowa Zamoyska rozmawiała z kursantkami o wartościach moralnych. W niedzielę 4 stycznia 1914 r. skautki złożyły przyrzeczenie odebrane przez Andrzeja Małkowskiego w obecności skautów krakowskich. Wieczorem hr. Zamoyscy wygłosili gawędę o historii Zakładu Kórnickiego.

Z inicjatywy Andrzeja, w oparciu o miejscowego „Sokoła” powołano w dniu 29 stycznia 1914 r. Komitet Skautowy w Zakopanem. Zgromadzenie walne członków Obywatelskiego Komitetu Skautowego w maju 1914 r. wyłoniło Sztab Skautowy. Komendantem skautowym został na trzy lata Andrzej Małkowski. Nie obsadzono natomiast funkcji przewodniczącego.

Od wiosny 1914 r. obie drużyny przygotowywały się do akcji letniej. Drużynowi własnym sumptem wydali szczegółowe prospekty obozów swych drużyn. W prasie ukazują się specjalne ogłoszenia. W lipcu 1914 r. 1 ZE pod komendą Andrzeja zorganizowała obóz skautowy w Tatrach na Polanie Hurkotne nad Białką.W pracy obozu główny nacisk położony był na pionierkę i obchodzenie się z bronią.  Dwa tygodnie później w tym samym miejscu obozowały skautki z 2 ZE pod komendą Olgi. Po raz pierwszy dziewczęta obozowały wyłącznie pod namiotami. Wśród 45 uczestniczek kilkanaście przybyło z zaboru rosyjskiego, większość pochodziła ze Lwowa, Krakowa i Zakopanego. Obóz żeński miał trwać od 22 lipca do 11 sierpnia, lecz został przerwany 5 sierpnia 1914 r. wskutek wybuchu wojny. Z obozu wędrownego, z Czorsztyna, śpiesznym marszem wrócili do Zakopanego skauci z Andrzejem Małkowskim.
Na polecenie wójta Zakopanego Wincentego Regieca Andrzej Małkowski wraz ze skautami organizuje Straż Obywatelską w celu zapewnienia bezpieczeństwa mieszkańcom i letnikom w trudnym czasie wojennym. Jednocześnie skauci intensywnie szkolą się i gromadzą ekwipunek wojenny.